همزمان با پایان فعالیت‌های زیربنایی و شروع به‌کار بخش کشاورزی در شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی و در راستای بهره‌‏برداری بهینه از اراضی زیر کشت نیشکر و ارتقاء میزان محصول شکر، ضرورت وجود یک مرکز تحقیقاتی به­‌منظور به‌­کار­گیری دانش و تکنولوژی‌های نوین در حوزه‌های کشاورزی، صنعت و محیط زیست کاملا احساس می­‌گردید.

موسسه تحقیقات و آموزش توسعه نیشکر به مدد محققان توانمند خود در حوزه­‌های کشاورزی، صنعت و محیط زیست خدمات پژوهشی و آموزشی متنوعی را به مجموعه بزرگ شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی ارایه داده و ضمن اجرای پروژه‌­های آینده نگرانه راهبردهای متنوعی در جهت پاسخگویی به نیازهای روز این شرکت و حل مسائل کاربردی آن دارد. از جمله مهمترین دستاورد این موسسه می­‌توان به اصلاح ارقام زراعی، مبارزه بیولوژیک با آفات نیشکر، روش­‌های جدید بیوتکنولوژی در راستای سالم و خالص‌­سازی ارقام نیشکر اشاره کرد. روش­‌های نوین آبیاری و زهکشی، خاکشناسی و تغذیه گیاه نیشکر، طراحی و ساخت انواع ادوات و ماشین آلات مورد نیاز صنعتی و کشاورزی مورد نیاز کشت و صنعت­‌ها و بررسی و مدیریت تلفیقی آفات، بیماری­‌ها و علف‌­های هرز نیشکر از دیگر دستاوردهای مهم این موسسه هستند.

بدین منظور در سال ۱۳۷۴ تاسیس مرکز تحقیقات نیشکر مورد مطالعه و تصویب شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی قرار گرفت، در سال‌های ابتدایی فعالیت‌های تحقیقاتی در قالب مرکز مطالعات نیشکر در اراضی کشت و صنعت شعیبیه(که بعدا به امام خمینی ره تغییر نام یافت) متمرکز بود. در این زمان عمده مطالعات مرکز بر ارزیابی تجربیات و تحقیقات کشت و صنعت‌های قدیمی‌تر(هفت تپه و کارون)، انتخاب ارقام مناسب، تغییرات متناسب با روش‌های کشت و کار مکانیزه نیشکر، بررسی نیاز آبی و کوددهی و…. اختصاص داشت. متعاقبا با شروع به کار کشت و صنعت‌های جنوبی و در سال ۱۳۷۶ شرکت اقدام به تاسیس مرکز تحقیقات نیشکر با محوریت سه بخش تحقیقاتی به‌نژادی ، به‌زراعی و گیاه‌پزشکی در محل کنونی موسسه واقع در کیلومتر ۳۶ جاده قدیم اهواز خرمشهر و جنب ایستگاه پمپاژ اصلی کشت و صنعت امیرکبیر نمود. فعالیت‌های تحقیقاتی موسسه در این دوره متمرکز بر تحقیقات کشاورزی بود تا اینکه متعاقبا در شهریور ۱۳۸۳ بخش تحقیقات صنعت نیز در قالب آزمایشگاه صنایع غذایی شروع به­‌کار نمود. با توسعه فعالیت‌های تحقیقاتی در حوزه کشاورزی و صنعت و تعریف ماموریت‌های جدید آموزشی، این مرکز در تاریخ ۱۳۸۷/۰۹/۰۹ با تغییرات کلی در نام و ساختار با عنوان “موسسه تحقیقات و آموزش توسعه نیشکر و صنایع جانبی خوزستان” به شماره ۵۷۲ در اداره ثبت شرکت­‌های اهواز به ثبت رسید­ و از آن زمان تا به امروز ضمن توسعه قابل توجه در امکانات، زیرساخت‌ها و سرمایه‌های انسانی خود، خدمات ارزنده‌ای را حوزه‌های تحقیقات، آموزش و ممیزی و پایش عملکرد به‌ شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی و مجموعه‌های وابسته به این شرکت ارائه نموده است.

در حال حاضر و بر اساس آخرین تغییرات مصوب مجمع عمومی موسسه، ساختار سازمانی موسسه تا تاریخ این گزارش متشکل‌ از هیئت امناء؛ هیئت‌مدیره؛ مدیر عامل؛ معاونت تحقیقات کشاورزی؛ معاونت تحقیقات صنعت؛ معاونت ممیزی و پایش عملکرد؛ معاونت آموزش، ترویج و برنامه‌ریزی پژوهشی، مدیریت تحقیقات محیط‌‌ زیست؛ مدیریت بازرگانی؛ مدیریت مالی، مدیریت حراست و اداره منابع انسانی است.