مدیریت ممیزی و پایش عملکرد کشاورزی تحت مجموعه­‌ی معاونت ممیزی و پایش عملکرد مؤسسه‌­ی تحقیقات نیشکر از سال ۱۳۹۵ فعالیت خود را آغاز نمود. این مدیریت که به طور کلی وظیفه‌ی پایش و کنترل کیفی فعالیت‌­های جاری حوزه‌­ی کشاورزی کشت و صنعت­‌های نیشکری را برعهده دارد، از دو بخش پایش کشاورزی و سنجش از دور و GIS تشکیل شده است. در بخش پایش کشاورزی که از کارشناسانی با علم و تجربه­‌ی تولید محصول نیشکر بهره­‌مند است کلیه‌­ی فعالیت‌­های اجرایی بخش کشاورزی کشت و صنعت‌­های نیشکری در قالب کلی عملیات کاشت، داشت و برداشت گیاه نیشکر را مورد پایش مستمر قرار داده و با نمونه‌برداری، اندازه­‌گیری و پایش میدانی و براساس دستورالعمل­‌های استاندارد تدوین شده برای هر عملیات، اقدام به جمع‌آوری اطلاعات، تجزیه و تحلیل و شناسایی عوارض و انحرافات از استاندارد نموده و در قالب گزارشات متنوع شکلی و زمانی نتایج این بررسی­‌ها را به کشت و صنعت‌­های نیشکری و مدیریت ارشد سازمان اطلاع می‌­دهد.

بخش سنجش از دور و GIS با بهره‌­مندی از کارشناسانی متخصص در زمینه‌­ی این علم و همچنین با به کارگیری تکنولوژی­‌های نوین اقدام به پایش وسیع و سریع وضعیت مزارع نیشکر در سطح کشت و صنعت­‌های مختلف نیشکری نموده که بر این اساس تهیه­‌ی تصاویر ماهواره‌­ای و پهپادی و بررسی شاخص­‌های مرتبط با سلامت گیاه، رشد ساقه، تغذیه و آبیاری مزارع نیشکر و همچنین شناسایی و تحلیل عوامل زیان‌رسان به گیاه نیشکر از قبیل آفات، بیماری‌­ها و علف­‎‌های هرز و تنش­‌های غیرزیستی از قبیل خشکی، شوری، سرما و… از وظایف و فعالیت­‌های جاری این بخش می‌باشد. همچنین در این بخش فعالیت‌­های تحقیقاتی برای دستیابی به مدل‌­های کارآمد و دقیق در جهت بهبود و ارتقای دانش سنجش از دور مجموعه در پایش تولید محصول نیشکر نیز انجام می­‌گردد.