تأسیس موسسه تحقیقات و آموزش توسعه نیشکر و صنایع جانبی در سال 1374 مورد تصویب شرکت توسعه نیشکر و صنایع جانبی قرار گرفت.
این مرکز در سال 1376 در قالب سه بخش تحقيقاتي به‌زراعي، به‌نژادي و گياه‌پزشكي راه‌اندازی گردید.
در شهریور 1383 بخش صنايع شكر نیز در قالب آزمايشگاه صنايع غذايي شروع به‌کار نمود. این مرکز در تاريخ 1387/09/09 تحت عنوان “مؤسسه تحقيقات و آموزش توسعه نيشکر و صنايع جانبی خوزستان” ثبت رسيد. در مردادماه 1392 به‌منظور توسعه تحقیقات در حوزه صنعت، معاونت تحقیقات صنعتی به ساختار سازمانی مؤسسه اضافه گردید.
این بخش بر روی مطالعات در زمینه خصوصیات زراعی ارقام نیشکر، تغذیه گیاه نیشکر و بهبود عملیات زراعی و فرآیندهای زراعی تمرکز دارد.
در این بخش تاثیر عواملی چون آفات، بیماری‌ها و علف‌های هرز بر گیاه نیشکر مورد تحقیق قرار می گیرد .
سالم‌سازی و خالص‌سازی ارقام تجاری موجود از طریق روش‌های بیوتکنولوژی از وظایف مهم این بخش است.
کنترل صنعتی، مکاترونیک، ابزاردقیق، دستگاه‌های ماهواره، تله‌متری و بی‌سیم از مهم‌ترین مباحثی است که در این مدیریت به آن پرداخته می‌شود.
